自身免疫性肝病病因尚不完全明了，可能与各种因素，如感染、物理或化学因素，引起的免疫功能紊乱有关，明确的诱发因素是各种嗜肝病*感染。
病*感染(如乙型肝炎病*、丙型肝炎病*、EB病*、麻疹病*等)在激发免疫反应方面的作用比较肯定。病*抗原表位和某些肝脏抗原具有相同的决定簇，通过“分子模拟”而诱发交叉反应，进而导致自身免疫性肝病。比如，丙型肝炎病*感染的部分患者血清中可检测到多种非特异性自身抗体，推测很可能是丙型肝炎病*的感染改变了肝细胞膜上的蛋白质成分所致。